Иностранное юр. лицо может осуществлять деятельность на территории РФ только через аккредитованный филиал или представительство, а получение лицензий на филиал не предусмотрено.
Что говорит закон
Согласно п. 1 ст. 1 ФЗ «О лицензировании отдельных видов деятельности», Настоящий ФЗ регулирует отношения, возникающие между федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов РФ, юридическими лицами и индивидуальными предпринимателями в связи с осуществлением лицензирования отдельных видов деятельности.
В соответствии с Федеральным законом от 09.07.1999 № 160-ФЗ «Об иностранных инвестициях в Российской Федерации» (в ред. Федерального закона от 05.05.2014 № 106-ФЗ «О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации») иностранное юридическое лицо, цель создания и (или) деятельность которого имеют коммерческий характер и которое несёт имущественную ответственность по принятым им в связи с осуществлением указанной деятельности на территории Российской Федерации обязательствам, имеет право осуществлять деятельность на территории Российской Федерации через филиал, представительство со дня их аккредитации, если иное не установлено федеральными законами.
В итоге
Чёткого правового обоснования возможности предоставления лицензий иностранным юридическим лицам, нет, только практический собственный опыт по лицензированию деятельности иностранных юр лиц.
Основная идея в том, что иностранные организации осуществляют свою деятельность на территории РФ либо через филиалы/представительства, (п. 14 ст. 25.13 НК РФ), то есть, не «напрямую». Но получить лицензии можно, предоставив документы от имени головной организации, в лице руководителя филиала иностранного юридического лица.
Также в качестве обоснования указывают на то, что действующее законодательство не содержит прямого запрета на лицензирование иностранных организаций.